Narodila se 18. listopadu 1847 jako Alžběta Pechová v Dominikánské (dnešní Husově) ulici v Praze v domě č. 242 do rodiny řemeslníka Andrease Pecha a jeho druhé manželky Dorothey, rozené Vodvářkové. Jako vlastenka si počeštila křestní jméno z Alžběty na Elišku. Literární pseudonym Krásnohorská si zvolila na základě otcovy mylné domněnky, že rodina byla součástí šlechtického rodu Pechů z Krásné Hory. Jako sedmé dítě řemeslníka neměla valné vyhlídky na slušný život. Rodina se přesto snažila zajistit svým dětem co nejlepší vzdělání, například její bratr Jindřich se stal klavíristou a hudebním skladatelem, bratr Josef lékařem a sestra Bohdanka malířkou. Doba byla však taková, že pro dívky Eliščina původu byla zpravidla nejpřijatelnější životní cesta sňatek. Tomu ale u Elišky Krásnohorské bránil revmatismus, který v průběhu života stále více deformoval její klouby. Jako neprovdané jí hrozilo, že zůstane ve všem závislá na provdaných sestrách nebo bratrech, nejspíš jako jejich pomocnice v domácnosti.

Odmala Eliška toužila po vzdělání a samostatnosti. Díky rodičům dostala šanci na tehdy nejvyšší možné vzdělání pro dívky v Praze – absolvovala německou dívčí školu paní Svobodové, kde získala kromě praktických dovedností a všeobecného přehledu také znalost několika cizích jazyků a porozumění hudbě, které se věnovala odmalička. Hudební tvorbě se však nemohla věnovat aktivně jako interpretka z důvodu své nemoci. V průběhu Eliščina dospívání její otec zkrachoval, byl nucen prodat dům v Praze a s celou rodinou se odstěhoval do Plzně. V sedmadvaceti letech se Eliška rozhodla vrátit do Prahy. Odstěhovala se od rodiny ke starší spolubydlící, aby se osamostatnila a začala se živit sama literární prací. Tehdy nebylo možné, aby neprovdané ženy bydlely samy nebo se samy pohybovaly na veřejnosti. Dokonce i na nádraží a do nového bytu ji musel doprovodit bratr, starší spolubydlící jí pomáhala jako gardedáma. Eliška četla, navštěvovala přednášky Náprstkova Amerického klubu dam a další vzdělávací akce přístupné ženám, protože ji hnala touha studovat, což dívkám tehdy bylo zakázáno. Zvolila si životní dráhu básnířky a spisovatelky, libretistky. Tato volba byla sice špatně honorovaná a předurčovala ji ke skromnému životu, tím, že si ale svobodně vybrala povolání, které ji bavilo, mohla rozhodovat sama o sobě.

Mezi nejznámější díla Elišky Krásnohorské patří románová tetralogie Svéhlavička, básnické sbírky Z máje žití, Ze Šumavy, Ozvěny doby, paměti Z mého mládí a Co přinesla léta, pohádky pro děti či překlady z angličtiny (Byronova Childe Haroldova pouť), ruštiny (Puškinův Boris Godunov), polštiny (Mickiewiczův Pan Tadeáš) a francouzštiny (operní libreto Carmen).

Spolu s Karolínou Světlou založila Ženský výrobní spolek,  stála za myšlenkou  prvního dívčího gymnázium ve střední Evropě – Minervy a úspěšně jej dovedla ke vzniku. Zasloužila se o povolení studia dívek na univerzitách – rozhodovala tak nejen o sobě, ale i o tisících žen, kterým se díky její odvaze, houževnatosti a vytrvalosti otevřela cesta k nejvyššímu vzdělání. 

Patřila mezi zastánkyně pravosti Rukopisů a nebála se svůj názor veřejně hájit i proti Tomášovi Garrigue Masarykovi. Angažovala se i ve veřejných událostech, za první světové války v květnu 1917 podepsala Manifest českých spisovatelů požadující samostatnost českého národa. Po první světové válce se stala jako první žena řádnou členkou České akademie věd a umění, jmenovanou prezidentem Masarykem. . V roce 1922 se u příležitosti svých 75. narozenin  stala první ženou v historii Karlovy Univerzity, která obdržela čestný doktorát z filosofie. Eliška Krásnohorská zemřela v nedožitých osmdesáti letech 26. listopadu 1926. Je pochována v rodinné hrobce na Olšanských hřbitovech v Praze. 

Eliška Krásnohorská se nebála prolomit dobové konvence. Bez mužského doprovodu navštěvovala kulturní akce, pohybovala se na veřejnosti a samostatně vystupovala. Ukázala dalším ženám, že i pro ně může být běžné se bavit samostatně, a to i bez mužského dozoru či doprovodu.